哈尔滨工业大学化工学院食品科学与工程系，下设食品安全研究中心、中法国际乳品科学与技术实验室（HIT-INRA）、国家轻工业甜菜糖业质量监督检测中心、黑龙江省食糖产品质量监督检验站、全国甜菜糖业标准化中心挂靠在我系。2005年12月，与法国国家农业科学研究院联合成立了“中法乳业学院”。由我系负责编辑出版的《中国甜菜糖业》是我国唯一公开对外发行的甜菜糖业中文科技核心期刊。
食品科学与工程系现已形成本科生、研究生培养等多层次办学体系。自2004年起在化学工程与技术一级博士点下招收生物化工专业
食品科学与工程系的研究领域涉及食品安全与质量控制、乳与乳制品理论与技术、现代农产品加工技术及装备和品质、天然生物活性成分的分离与纯化技术、功能性食品和新食物资源的开发与利用、生物反应过程控制和生物反应器的设计、食品发酵技术及工程、食品生物技术以及食品科学基础理论的研究等。上述研究内容得到了国家自然科学基金、国家“863”计划、国家科技支撑计划、科技部专项计划、农业部科技专项、省、部、市级重点攻关计划和基金项目、国际合作计划以及企业等多渠道的科技计划的支持。
2004年食品科学与工程系与法国农业科学研究院（INRA）、法国西部农业大学(Ouest Agrocampus）签署了合作协议，双方就人才培养、科研合作开展了全面的合作。
2010年，与爱尔兰都柏林国立大学（UCD）签署了教学和科研合作协议，每年派出2-3名优秀毕业生去爱尔兰都柏林国立大学攻读硕士学位。此外，还与美国康奈尔大学、兰斯顿大学、加拿大联邦农业部食品研究中心等国际上著名的大学和科研机构室建立了长期的合作关系。每年都有研究生以联合培养的方式进入这些实验室学习和工作。良好的学习和科研环境，为培养高素质的专业人才奠定了基础。
